诊断探针是什么?

2018年08月10日

诊断探针

 

诊断探针,它是一种医用品,每种诊断探针都有不同的用处及区别点。ALL多探针诊断系统,肠道腺病毒41型诊断探针,应用cDNA文库法制备HCV-1诊断芯片探针,特异性探针,高灵敏高准确SARS快速诊断荧光探针等不同产品的使用与方法。

 

探针诊断系统


诊断探针英国Cytocell公司生产的ALL多探针诊断系统,专门为急性淋巴细胞白血病ALL设计的,在一张玻片上同时使用 8种不同的FISH探针,从而可以做到做一次杂交试验而尽可能多地提供病人的基因型信息。

诊断探针类型

探针1:MYC

8p 染色体的MYC 致癌基因的易位有许多断裂点,但为了能分别阻断而不管易位的存在,多探针诊断系统提供的探针组分别探测的区域很大(717Kb)。最接近的探针(177Kb)是332Kb 3'基因,标记为红色。而最远端的探针(188Kb)是380Kb 5'基因,标记为绿色。正常病人显示为融合或红绿信号密集地并排(2Y),同时,基因的重排检测为分开的绿色和红色信号(1Y,1G,1R)。和分离细胞一样,这个探针组可在间期细胞中检测 MYC的重排。

探针2:P16

9p2 染色体缺失牵涉多种肿瘤,包括大约 10%的P16 缺失的儿科 ALL 病人。为了诊断这些缺失,ALL 多探针检测系统含一支这样的探针:标记为红色,覆盖区域为 9p21 101Kb区域,从P16 3' 59Kb延伸到 P15的 5'端。探针组还包含一支9号染色体质控探针(D9Z3,9q12上异染色质的阻断),标记为绿色。正常细胞中,探针和质控在两者的同系物会显示有2个红色和2个绿色信号(2R,2G)。检测细胞会显示:1个红色信号和2个绿色质控(1R,2G),表明如果缺失为半合子,P16从1条染色体中丢失;或者是没有红色信号和两个绿色信号(0R,2G),表明是纯合子缺失。

探针3:E2A/MLL

E2A 的重排在 ALL病例中相对普通,有两种类型(t (1:19) 和 t (17;19)),占病人数量的 6%。经由 FISH检测到 E2A相关的t(1:19)融合,用标准的细胞遗传学检测存在20-25%患者遗漏。两个分裂探针由1支绿色的 3’探针1支红色的 5’探针构成,基因的缺失将导致黄色或接近的红/绿的信号发生分离,变成单独的红色和绿色。 因而,1个正常的细胞有两个融合信号(黄色)。如果 E2A基因因为易位而重排,一支黄色分裂探针分裂成红色和绿色,分别代表重排基因和染色体配偶体。这些病人的信号是3Y、1R、1G。

探针4:TEL/AML1

这种重排在儿童期B-ALL病例中最普通,使用FISH技术检测到大约21%病例中都有。Cytocell的FISH探针是双色双融合探针,阳性细胞有两个黄色信号。 ETV6 (TEL)探针包含一支含ETV6 5’终点的探针和一支覆盖基因3’区的探针,都标记为红色。对于AML,两支探针都标记为绿色,一支位于RUNX1 3',另一支在基因的5'末端。t(12:21)的病人,除了相应的12和21号正常染色体的红色和绿色信号,会有两个(黄色)融合信号(1R,1G,2Y)。有ETV6有大量缺失的地方,t(12;21)缺失的信号是1R、2G;或者是,存在t(12;21)重排的信号是1Y、1G。

探针5:M LL

在染色体区带11q23的MLL基因的重排,可以在大约 85%的患B-ALL的婴儿中发现。这支分裂探针由一支绿色5’探针和一支红色3’探针组成,所以基因的破裂会形成1个黄色或紧密相连的红色/绿色信号分裂成独立的红色和绿色信号。在正常的细胞中,会有2个融合信号(黄色)。如果MLL基因因为易位而重排,一支黄色分裂探针分裂成红色和绿色,分别代表重排基因和染色体配偶体。这些病人的信号是1Y,1R,1G。

探针6:BCR/ABL

典型的立体易位t(9;22)在CML中最普遍,但在大约25% 的成人ALL和2-10% 的小儿ALL也有。BCR基因中有两个断裂点簇,较小和较大的断裂簇分别为mBCR和MBCR。ALL几乎大部分是由于断裂点引起的,包括mBCR。在少量的ALL病例中,因为与其它染色体的相互作用,易位不会导致细胞遗传学可见的Philadelphia染色体。在这些病例中,FISH对于突出融合基因很重要。 诊断系统中的BCR探针是双融合探针,包含两支BCR 探针,一支标测 BCR 3',第二支覆盖了基因5'56Kb的区域。两支都标记为红色并定位,所以断裂点在mBCR或者MBCR都可以导致融合信号。ABL探针毗邻群从FUB3 基因中部到离ABL 5'终点64Kb的位点,覆盖了349Kb。 在正常细胞中,这些探针显示红色和绿色信号,对应各自的同系物(结果形成了2G 2R的构象)。t(9:22)病人,会有两个融合信号(黄色),加上对应的22号和 9号正常染色体的红色和绿色信号(1R 1G 2Y)。

探针7:IGH


t(8:14)易位最显著的结果涉及到MYC原癌基因的重排。然而,在T-ALL中最常见到是IgH基因的非普遍性重排,在B-ALL中也可见到。IGH 基因内所有这些重排有断裂点,Cytocell的 ALL多探针诊断系统中有一支IGH分裂探针,可以检测到一些重排,包括固定和变异段之间区域的 IGH基因分裂,从而鉴别基因中比较少见的重排的IGH易位配偶体染色体。 正常细胞会有2个融合信号(黄色)。IGH上有重排,其中一个黄色信号会分裂成红色或黄色(1Y,1R,1G)。

诊断探针检测系统

 诊断探针图片


诊断探针产品名称:诊断探针检测系统

发明人:K·塞托;J·-H·李;L·布莱尔


地址:美国加利福尼亚州


概述:本诊断探针检测系统,发明涉及一种检测核酸序列是否存在的方法,所用诊断探针包括基本上分别互补于靶标核酸链的第一和第二靶标区的第一和第二探针区,其中第一探针区位于第二探针区的5’端。第一探针区基本上互补于靶标核酸链的第一靶标区,靶标核酸链还具有第二靶标区,其中当靶标核酸链上的所述第一靶标区与第二靶标区连续时,那么在诊断探针上的第一和第二探针区用核酸间隔区隔开。

诊断探针使用步骤


一种检测样品核酸链中靶标核酸序列存在的方法,包括如下步骤:在杂交条件下,将被怀疑包含靶标核酸序列的样品与诊断探针进行接触;其中所述诊断探针的核苷酸序列包含(1)位于诊断探针5’端的第一探针区,基本上互补于所述靶标核酸序列的特征性第一靶标区,和(2)位于所述第一探针区3’侧的第二探针区,所述第二探针区基本上互补于靶标核酸链的靶标核酸序列的特征性第二靶标区,其中当靶标核酸链上的所述第一靶标区与第二靶标区连续时,那么诊断探针上的第一和第二探针区由核酸间隔区所隔开,当诊断探针上的第一和第二探针区连续时,则靶标核酸链上的第一和第二靶标区之间存在着间插序列;由此在所选择的杂交条件下,当第一探针区基本上互补于第一靶标区并且第二探针区基本上互补于第二靶标区时,第一和第二探针区能够使诊断探针与靶标核酸链稳定杂交,形成可检测的探针:靶标杂交体;但在所选择的杂交条件下,当第一探针区不基本上互补于第一靶标区或第二探针区不基本上互补于第二靶标区时,诊断探针不能够与靶标核酸链稳定杂交,不能形成在指示稳定杂交的阈值之上的可检测的探针:靶标杂交体;和检测稳定的探针:靶标杂交体的存在或不存在,作为样品中的是否存在靶标核酸序列的指标。

肠道腺病毒41型诊断探针


肠道腺病毒41型诊断探针载体PACZ9201的构建武汉同济医科大学基础医学院病毒室430030张卫东,陈秀珠肠道腺病毒已证实为婴幼儿病毒性腹泻的主要病原体之一,仅次于轮状病毒而排在第二位。由于这类病毒难以培养,粪便中病毒含量又很少,不能用常规细胞分离培养、ELISA以及限制性核酸内切酶等方法来检测鉴定其病原体。因而需要找到一种灵敏度高、快速、简捷而且一次能同时检测大批量样本的诊断方法。

诊断芯片探针

诊断探针目的
探讨利用cDNA文库法制备丙型肝炎(HCV-1)诊断基因芯片探针的可行性。方法:用限制性内切酶Sau3AI消化HCV1a及1b全长cDNA,所得的酶切片段72℃补平加A,AT克隆,PCR初步鉴定,并测序。结果 HCV两个亚型1a、1b的全长cDNA得到57个大小相对一致(200-1000bp)的片段,平均每个亚型约28个,PCR及序列分析表明,所扩增的片段均属于HCV-1的特异基因,可做为HCV-1诊断基因芯片探针。结论 利用cDNA文库法收集片段是一种快速、简便制备芯片探针的实用方法。

使用


同血清型与基因型的基因芯片检测方法,设计针对O型8个基因型、A型3个基因型和亚洲1型的特异性探针。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室基因库下载了O型、A型和亚洲1型FMDV的VP1基因序列547条。对每一血清型序列用DNA Star软件ClastalW程序进行多重比对,做系统发育分析并进行基因分型。用生物学软件BioSun 2.0建立基因型数据库,设计每一基因型的特异性探针。共设计出104条候选探针,通过芯片试验筛选出12条特异性探针。以各型特异性探针所对应的靶序列模板做10倍系列稀释进行PCR扩增,扩增产物与探针杂交,验证各探针的灵敏度。对O型SEA、Euro-SA、ME-SA、WA 4个基因型的各条探针的灵敏度进行了检验,结果这些探针能够检测到102数量级拷贝数的阳性靶标。

诊断荧光探针

诊断探针DNA(RNA)诊断特别实时荧光定量PCR,是诊断SARS的主要方法。PCR可以检测出在各种样本(血液、粪便、唾液、呼吸道分泌物、组织切片)中的SARS病毒的遗传物质。实时荧光定量PCR,具有灵敏度极高,特异性更强的特点,可检测到低至单个拷贝的病毒基因。这意味着可以在病毒侵入人体早期进行检测,可以实现对可疑病人和高危人群大量快速筛查,评价药物疗效和治愈指标有重要的参考价值。

 诊断荧光探针


技术指标


申请了两项国家发明专利。①其中用于DNA芯片检测、荧光PCR和蛋白质标记的菁类荧光探针,改进了现有国际上荧光探针的光稳定性(提高光稳定性近3倍),为大大改善荧光检测准确可行度提供了条件; ②研究出性能优异、荧光干扰低的近红外(波长635-750 nm)荧光探针,克服了常规紫外及低波长可见光的荧光背景干扰,使灵敏度大大提高,在中科院大连化物所蛋白分析组的应用显示,在HPLC上的激光诱导检测极限。

 

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来源:新富城探针网
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